(一) S-Poly(T) ®法,一种新的miRNA实时荧光定量PCR检测方法,Geneup公司明星产品。
实时荧光定量PCR技术是当前miRNA检测中最灵敏、最常用的技术手段,主要包括: poly(A)加尾法;茎环引物(Stem-loop)法和S-Poly(T)®法,其优缺点见下图:
图1. miRNA qRT- PCR检测方法的比较
S-Poly(T)法简介:
S-Poly(T)®是本公司自主研发的miRNA检测新方法,获得第14届中国国际高新技术成果交易会“优秀产品奖”,已获得中国发明专利授权(专利号:201110101438.5),并申请了美国和欧洲发明专利。与其它方法相比,S-Poly(T)®技术在灵敏度和特异性等方面得到显著提高,既能从组织和细胞中检测miRNA,又能从血清/血浆、尿液、石蜡组织等含量甚微的样品中检测miRNA的表达水平,而且适合于miRNA的高通量筛选。Geneup公司现已开发的miRNA检测试剂盒覆盖了miRBase数据库(V20)中人、小鼠、大鼠、猪、牛、羊、斑马鱼、鸡和常见病毒等物种的成熟miRNA,用户可以订购检测试剂盒,也可以委托本公司进行专业技术服务。
S-Poly(T)法检测miRNA原理:
S-Poly(T)®法融合了传统的Stem-loop法和Poly(A)加尾法的优点,使用了与miRNA 3`端特异互补的~6个碱基和11个d(T)组成的S-Poly(T)®特异性逆转录引物,在较高温度下(≥42°C)对加尾后的miRNA进行第一链cDNA的合成,不仅显著提高S-Poly(T)逆转录引物与目的miRNA互补结合的特异性和热稳定性,而且逆转录效率更高,从而大幅提高目的miRNA第一链cDNA的合成及后续qPCR效率。qPCR反应使用特异上游引物、通用下游引物和通用荧光探针对miRNA进行检测。示意图如下:
图2. S-Poly(T)法检测miRNA原理图
S-Poly(T)法技术特点:
u 高灵敏度
S-Poly(T)®法能够准确检测0.01 pg~10 ng总RNA样品中miRNA的表达水平, RNA浓度线性范围宽(图5),跨越7个数量级(图6);对于不同的miRNA,S-Poly(T)法的灵敏度比PolyA法和Stem-loop法提高4~90倍,平均提高约10倍以上(图7、8)。
图5. S-Poly(T)®法检测miRNA的线性范围。将HEK293细胞总RNA 在0.01 pg ~ 10 ng范围内进行 10倍梯度稀释,然后检测不同miRNA 的表达水平。
图6. S-Poly(T)®法检测miR-92a跨越7个数量级。
图7. 比较S-Poly(T)®法和Stem-loop法检测miR-140。 其中,S-Poly(T)®法使用通用性探针,Stem-loop法使用ABI公司提供的特异性探针。
图8. S-Poly(T)®法、Poly(A)法和Stem-loop法三种方法检测miRNA的灵敏性比较。miRNA分别用三种方法对应的逆转录引物进行逆转录,然后进行qPCR扩增,扩增产物用SYBR Green I进行检测,并分析溶解曲线。
u 高特异性
由于第一链cDNA合成的特异性,并结合PCR上游特异性引物,S-Poly(T)法具有极高的特异性,能有效区分序列高度相似的miRNA,如let-7家族miRNA,同时S-Poly(T)法还能区分成熟miRNA与pri-,pre-miRNA(图9)。
图9. S-Poly(T) ®法定量检测miRNA的特异性。A:用S-Poly(T) ®法检测hsa-let-7 家族miRNA 在HEK293细胞中的过量表达。B:hsa-let-7 家族miRNA序列比对分析。C:与poly(A)法相比,S-Poly(T) ®法能区分成熟miRNA与pri-,pre-miRNA。
u 高通量性
S-Poly(T) ®法可进行miRNA的高通量检测。将多个miRNA的逆转录引物混合进行反转录,然后分别用各个miRNA的特异上游引物进行real-time PCR 检测(图10)。
图10. 使用S-Poly(T) ®法进行miRNA的高通量表达谱检测。将人肺动脉平滑肌细胞(HPASMC)在常氧(Normoxia,21% O2)或缺氧(Hypoxia,3% O2)条件下培养24 h,用S-Poly(T)法检测常见1080个miRNA的表达谱。
商品名称 | 产品信息 | 规格 | 价格 | |
S-Poly(T) plus miRNA qPCR-assay | 包含一种miRNA的逆转录引物、特异上游引物、通用下游引物、通用Taqman探针、逆转录及qPCR试剂。 | 20RT/100PCR | ¥1,500 | |
40RT/200PCR | ¥2,400 | |||
100RT/500PCR | ¥5,280 | |||
S-Poly(T) plus Normalization control simple qPCR-assay | 包含一种内参的逆转录引物、特异上游引物、通用下游引物、通用Taqman探针及qPCR试剂。 | 20RT/100PCR | ¥1,500 | |
40RT/200PCR | ¥2,400 | |||
100RT/500PCR | ¥5,280 |